Un contenedor reefer es aquel contenedor creado especialmente para el transporte de mercancías refrigeradas, congeladas o que necesiten un control y tratamiento especial de la atmósfera interior. Es lo que comúnmente conocemos como contenedor frigorífico.
Aunque a simple vista, por su sus dimensiones y su estructura exterior no difieren del resto de contenedores marítimos, los contenedores reefer tienen múltiples características que los convierten en auténticas cámaras frigoríficas móviles, especialmente adecuadas para el transporte de productos perecederos.

El principio básico de funcionamiento de un contenedor reefer es bastante sencillo. Se trata de un contenedor aislado térmicamente, que lleva incorporada una unidad refrigeradora que permite mantener la temperatura interior constante gracias a la circulación de aire frío. Por lo general, el aire frío es inyectado desde la pared del fondo a través de un conducto situado en la parte inferior del contenedor, y el aire caliente se recoge a través de una rejilla ubicada en la parte superior. Además, cuentan con un sistema de ventilación que permite la entrada de aire del exterior cuando es necesario.

En la parte frontal de una unidad reefer encontramos, entre otras cosas el compresor y los diferentes motores, la abertura de ventilación (que suele cerrarse para cargas congeladas) y el panel de control. Desde aquí se pueden introducir los parámetros necesarios que regularán las condiciones interiores del contenedor en aspectos como la temperatura, la ventilación, el grado de humedad.
Los contenedores reefer cuentan con una toma de corriente, necesaria para poder operar. Normalmente se trata de un cable de conexión de energía trifásica, que será el encargado de alimentar la refrigeración autónoma del contenedor a lo largo de toda la cadena logística. Por este motivo es muy importante que tanto en la terminal de carga, en el camión que se utilice para los trayectos en tierra y en el barco, se cuente con tomas eléctricas adecuadas, para garantizar que el equipo funciona correctamente y no se produzcan roturas de la cadena del frío.

Las paredes, techo y suelo de un contenedor reefer están construidos utilizando materiales diferentes a los de un contenedor convencional. Para evitar cualquier cambio imprevisto de temperatura se emplean diferentes capas de productos aislantes aislantes. Debido a que el aire que circula por el interior del contenedor es el encargado de regular la temperatura, es muy importanteestibar la mercancía correctamente garantizando un flujo de aire adecuado.Por este motivo los contenedores reefer cuentan con una línea de carga máxima situada en la parte superior y en los extremos del mismo pintada en color rojo. Esta línea indica hasta qué altura puede estibarse mercancía sin obstaculizar el paso del aire.
También para favorecer el correcto flujo de aire, el suelo es metálico y está formado por una serie de surcos en forma de T, que pueden discurrir abiertos o cerrados y que permiten crear una serie de corredores por los que el aire circula por debajo de la carga. En el fondo del contenedor reefer encontramos dos aberturas. La inferior es la encargada de suministrar aire frío al circuito y la superior se utiliza para recoger el aire, ya caliente tras haber recorrido el contenedor. La rejilla superior es la que alberga, en caso de que deban utilizarse, los filtros para captar el etileno que producen algunas frutas en su proceso de maduración. La parte inferior, suele contar también con una placa deflectora. Como si se tratara del alerón de un avión su misión es dirigir el aire frío que produce la unidad de refrigeración hacia el punto adecuado. Además, suelen disponer de una serie de dispositivos que se encargan de monitorizar la temperatura y las condiciones del interior del contenedor. El contenedor reefer tiene varios desagües ubicados en los extremos del suelo, que permiten liberar cualquier exceso de agua, producido principalmente por la condensación. Estos desagües pueden mantenerse abiertos o cerrados con tapones en función del tipo de carga que vayamos a transportar y la temperatura. Generalmente se cierran cuando se va a utilizar la unidad para el transporte de mercancía congelada.